"ایسی هیودو" یک پسر نوجوان دبیرستانی با خصوصیات معمول هم سن و سالانش است که در روابط اجتماعی موفق نیست و همیشه تنها می‌ماند. او در اولین قرارش توسط دختری کشته می شود و ...
داستان انیمیشن در رابطه با دختر شش ساله ای به نام هوتارو می باشد که در جنگل محل زندگی خود گم می شود. این جنگل که مملو از اشباح کوهستان می باشد محل بسیار خطرناکی برای یک بچه کوچک می باشد، اما هوتارو در جنگل با یک شبح مهربان به نام جین آشنا می شود. جین که یک شبح مهربان می باشد در جنگل کمک های بسیاری به هوتارو می کند اما او یک مشکل بزرگ دارد و مشکل او این است که اگر زمانی انسانی به او دست بزند، او برای همیشه ناپدید می شود....
"مادوکا" دختر بسیار مهربانی می باشد که مدتی است شب ها کابوس های بسیار وحشتناکی می بیند که در آن دختری با موهای سیاه در حال مبارزه با هیولا های ترسناک است. به همین دلیل او آرام و قرار ندارد تا زماتی که یک روز دختری با همان مشخصات، به مدرسه ی "مادوکا" می آید و او را نیز میشناسد. او به "مادوکا" پیشنهاد تبدیل شدن به یک دختر جادویی و مبارزه با جادوگران عجیب و غریب را میدهد...
